O aquecimento global e o lançamento de esgotos no mar têm sido apontados como processos que põem em risco os ecossistemas recifais. O aumento de temperatura pode ocasionar o branqueamento dos recifes, o que representa a perda de zooxantelas — microalgas que vivem no interior dos corais hermatípicos, realizando fotossíntese e liberando doses extras de nutrientes orgânicos. Em contrapartida, as zooxantelas sobrevivem utilizando produtos gerados pelo metabolismo dos corais. Outro problema que tem causado sérios danos aos recifes é o despejo de esgotos domésticos e industriais no mar, o que provoca a proliferação de cianofíceas e algas verdes que crescem na superfície da água e impedem que a luz chegue aos corais.